Муниципальное образование Яконурского сельского поселения расположено в восточной части Усть-Канского района. Общая площадь муниципального образования – 345 кв. км. В соответствии с Законом Республики Алтай от 13 января 2005 г. № 10-РЗ «Об образовании муниципальных образований, наделении соответствующим статусом и установлении их границ» муниципальное образование «Яконурское сельское поселение» наделено статусом сельского поселения с административным центром село Яконур.
Административный центр – село Яконур – расположено в 286 км от республиканского центра и в 15 км от районного центра - села Усть-Кан. Ближайшая железнодорожная станция г. Бийск Алтайского края находится на расстоянии 387 км от села. С другими регионами муниципальное образование связано дорогой регионального значения Солонешное - Усть-Кан, дорогой межмуниципального значения - Черный Ануй - Верх Белоануй-Яконур.
На востоке поселение граничит с Шебалинским районом Республики Алтай, на юге с Ябоганским, Кырлыкским, и Усть – Канским сельскими поселениями, на западе - с Козульским поселением, на северо-западе – с Черноануйским и Усть-Мутинскими сельскими поселениями, на северо-востоке – с Белоануйским сельским поселением Усть-Канского района.
Село Яконур основано в 1756 году. Слово Экинур из монгольского языка означает большое широкое озеро.